1. Eestis lasuv fosforiit on biogeenne, mitte kemogeenne nagu mujal maailmas kaevandatavad fosforiidid. Ülgase kaevanduses 1924-1938 ja Maardu kaevanduses 1940-1991 toodetud väetise fosforist omastasid taimed vaid ca 1%. Järelikult millegi majanduslikult mõtestatu saamiseks tuleb toota midagi muud, milleks tuleb lisaks kaevandusele rajada ka rikastamise ja keemilise töötlemise kompleks. See teeb kogu ettevõtmise ka keskkonnakaitset arvesse võtmata majanduslikult vägagi kaheldavaks.
2. Ohtu satub põhjavesi, hindamatu loodusvara, millega Eesti on seni veel heas seisus, tagamaks pea kõigis suuremates asulates hea puurkaevuvee. Põhjaveevarude suhtes väga tundlikus ja üliolulises Pandivere kõrgustiku ja selle jalami piirkonnas paikneb fosforiidilasund 65-200 meetri sügavusel. Tekib ulatuslik alanduslehter, mõjutatud saavad kõik kaevandamissügavuses paiknevad põhjaveekihid, eeskätt Siluri-Ordoviitsiumi ja Ordoviitsiumi-Kambriumi põhjaveekiht. Mäletame, et juba uuringupuuraukude rajamisega rikuti oluliselt veerežiimi nii, et tolleaegse Rägavere külanõukogu territooriumil tuli teha 60 uut puurkaevu.
3. Akadeemik Hans Trassi analüüs fosforiidikaevandustega kaasnevate hüdroloogiliste muutuste ulatusest väidab, et Rakvere ja Peipsi ning Kurtna ja Tapa vahel "sagenevad põuad, rabad kuivavad ja sarnanevad metsatundraga, kaovad lodu- ja siirdemetsad, loopealsetest saavad paelavad ja puisniitudest nõmmed.“
4. Probleemsust lisab Toolse maardlas fosforiidilasundi peal paiknev diktüoneemakilt, mis kulgeb katkematu kihina Eesti põhja- ja loodeosas Hiiumaast Narvani. Selles on kõrge püriidisisaldus ja lisaks uraani, vanaadiumi, molübdeeni, pliid, tsinki ja reeniumi. Nende metallide sisaldus on küll kümneid kordi suurem kui maakoores keskmiselt, kuid ei tõuse maakide tasemele. Õhu kätte toodud püriit süttib ja õhk saastub väävliühenditega. Sademe- ja põhjavetes lahustunutena kandub loodusesse radioaktiivseid ja toksilisi ühendeid. Seega reostusest ei pääse ei pinna-, ei põhjaveed ega õhustik. Kõike seda on juba nähtud Maardus ja Sillamäel. Rakvere maardlas on fosforiidikihi peal pude glaukoniitliivakivi, mis raskendab allmaakaevandamist oluliselt.